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Lange Zeit wurde der Paraffinblock in der Molekularen Diagnostik “stiefmütterlich” behandelt. Mit der Mutationsdiagnostik hat sich das vor ca. 5 Jahren sprunghaft geändert. Über Nacht wurde das Potenzial für die Krebsbehandlung mit neuen Mutationsanalysen in Onkogenen und spezifischen therapeutischen Inhibitoren zum Focus. Genauso schnell wurde das vormals scheinbar unerschließbare FFPE (Formalin-fixed Paraffin-embedded) für die Routine Diagnostik “tauglich” gemacht. Heute können fast alle Extraktionsautomaten auch Paraffin-Proben aufschließen und die DNA isolieren. Auch unser MagCore leistet hier ganze Arbeit. Direkt den Paraffin-Schnitt in die Kartusche und fertig ist die Extraktion! Das war noch vor wenigen Jahren undenkbar. Aber Vorsicht – die meisten FFPE-Kits sind für humane Genomische DNA für die Mutationsanalyse optimiert! Zuviel genomische DNA kann auch inhibierend sein und muss nicht unbedingt auch die bakterielle oder virale DNA gut isolieren.

Eine meiner ersten Erfahrungen zur Erreger-Diagnostik aus FFPE-Proben liegt schon länger zurück. Ich erinnere mich noch gut an die Frage vor über 10 Jahren von Frau Prof. Reiner, Wien: Wir benötigen eine Lösung für Lymphknoten bei Kindern. Manchmal sieht man Stäbchen. Es handelt sich um Bakterien, die aus dem Paraffinblock nicht mehr kultiviert werden können.

So hat es für uns als Anbieter von molekularer Nischen Diagnostik angefangen und dieses Kapitel ist noch lange nicht abgeschlossen.

Das Geheimnis der säurefesten Stäbchen in Lymphknoten wird in meinem nächsten Blog gelüftet und war meine erste wichtige Erfahrung mit bakteriellen Erregern welche man/frau dort nicht erwartet hätte.

Weiters werden wir uns manche Pathogene aus Paraffinproben und deren Nachweis genauer anschauen wie zB, atypische Mykobakterien, HPV, Helicobacter pylori oder EBV.

Produktnr.MRF-03MGF-02
KitMagCore® Total RNA FFPE One-Step KitMagCore® Genomic DNA FFPE One-Step Kit
Ausgangs-
material
Zur Extraktion von RNA (total) aus FFPE GewebeZur Extraktion von genomischer  DNA aus FFPE Gewebe
Probenzahl7296
Hands on time15 Minuten15 Minuten
Dauer3 Stunden3 Stunden bzw17 Stunden (über Nacht Lyse)

Und schon wieder eine neue Covid Mutation die Angst und Schrecken verbreitet.

Tatsächlich konnte die UK Mutation schnell alle Aufmerksamkeit auf sich ziehen und ist jetzt die häufigste Variante bei uns.

“Erfolgreiche” Viren kennen keine Grenzen und verbreiten sich schnell. So haben sich auch gleich Südafrikanische und Südamerikanische Mutanten dazu gesellt. NGS macht´s möglich. Tausende Mutationen und wir können sie alle beobachten.

Ab sofort können auch sie relevante Mutationen einfach nachweisen. Wir bieten jetzt einen neuen Mutationskit als Point-of-Care Lösung im Multiplex RealTime PCR Format an. Mit unserem POCT-Gerät können Sie ganz einfach die Mutationen N501A und del HV69-70 im Spikegen detektieren, gleichzeitig mit dem Covid-19 spezifischen Gen-Nachweis.  Einfacher geht´s nicht! In wenigen Sekunden ist die Kartusche im Gerät und in 90 Minuten haben Sie das Ergebnis. Auch ist die Sensitivität höher als bei NGS und funktioniert bei Ct-Werten über 30 immer noch. Es wird wohl noch weitere relevante Mutationen geben, denn Mutation ist das Prinzip der Evolution. Je nach Entwicklung und Notwendigkeit werden wir zusätzliche Mutationskits für unsere POCT-Lösung anbieten.

Unser POC  Mutationskit kann in einem Lauf den WT von der britischen Mutante (B1.1.7) bzw die britische Mutante von der südafrikanischen (B1.351)  und der brasilianischen (B1.1.28)  unterscheiden. Er ist unter der Artikelnummer 99C0022-M erhältlich

Weiters bieten wir noch Multiplex Real Time PCR Kits für alle gängigen RT-Geräte an.

Übersicht Mutations-Kits:

del HV69/70N501YP681HE484KD80AK417N
POC AIGS SARS-CoV-2 Mutanten Kit++
Real Time SARS-CoV-2 Variants Kit++ + +
Fluorotype  SARS-CoV-2 varID RUO++ ++ 
EliGene® COVID19 UKV/SAV RT kit ++   

Die Überraschung war groß als man vor 30 Jahren das Potential der PCR erkannte. Plötzlich konnte man sensitiver als je zuvor HIV in Blutkonserven nachweisen. Welche Erleichterung für Patienten die von Blutkonserven und Blutprodukten abhängig sind!

Bald musste man aber erkennen, dass bei der PCR auch Probleme auftreten können; die sogenannten “Inhibierungen”. Das tolle Enzym, die Taq-Polymerase,  die man für die PCR einsetzt, hält zwar Hitze schadlos aus, jedoch mag sie manche Komponenten in einer menschlichen Probe gar nicht. Die Heimat der Taq-Polymerase ist ein Bakterium im Meer und nicht Blut und andere menschliche Probenmaterialien. Diese Proben enthalten Stoffe, die das Enzym gar nicht mag und  können die Enzymreaktion inhibieren.

Daher hat man auch schnell erkannt das eine PCR Kontrolle eingebaut werden muss; die sogenannte Interne Kontrolle (IC). Diese Kontrolle wird bei der PCR mit-amplifiziert und zeigt an, dass die PCR funktioniert hat. Heutzutage wird die IC meist schon bei der DNA/RNA Extraktion dazu pipettiert. In der Infektionsdiagnostik, kann es jedoch vorkommen, dass gar kein menschliches Material in der Probe ist. Das kann passieren, wenn zB. Abstriche schlecht abgenommen werden. Die Qualität eines Abstiches lässt sich jedoch prüfen. Denn eine IC kann auch direkt aus der Probe kommen. So gibt es heute PCR Kits, die eine konserviertes menschliches Gen als interne Kontrolle nachweisen. Zu Covids-Zeiten hat das besonders an Bedeutung gewonnen, weil die Abstriche von unterschiedlichsten Personen durchgeführt werden. Auch Schulkinder können sich selbst die Probe abstreichen. Jetzt lässt sich mit einer “endogenen Internen Kontrolle” sehr wohl prüfen, dass die Probe auch korrekt abgenommen wurde und ist damit zusätzlich ein Indikator für die Probenqualität. In unserem LR 1000 (AIGS) PCR System dient das menschliche RNAse P-Gen als IC und als Qualitätskontrolle für die Probenabnahme. Somit ist sichergestellt, dass auch wirklich menschliches Probenmaterial abgestrichen wurde und keine falsch negativen Ergebnisse befundet werden.

 Beispiel eines positiven Covid-Tests, bei dem virale Gene und die endogene interne Kontrolle (humanes Gen) nachgewiesen werden. Der Abstrich war korrekt.

Beispiel eines negativen Covid-Tests. Bei dieser Probe wird die endogene interne Kontrolle nachgewiesen und bestätigt die Abstrichqualität.

Beispiel eines ungültigen Covid-Tests. Bei dieser Probe wird die endogene interne Kontrolle nicht nachgewiesen. Der Abstrich war schlecht oder inhibierende Substanzen stören die PCR. Die Probe ist nicht auswertbar und muss wiederholt werden.


Heutzutage erfolgen Virusnachweise mittels PCR oder ähnlichen molekularbiologischen Amplifikationsmethoden. Daher haben sich schon seit langem flüssige Transportmedien für Virusproben durchgesetzt, die auch mit dem jeweiligen PCR Systemen kompatibel sind. Dem Transportmedium ist seit der Covid-Pandemie noch mehr Bedeutung beigemessen worden. So hat es sich in letzter Zeit bewährt virusinaktivierende Transport-Medien einzusetzen. Diese erleichtern den gesamten Ablauf von der Probenabnahme bis zur Weiterverarbeitung im Labor. Der Vorteil: Es besteht keine Gefahr, dass man sich beim Hantieren mit den Proben infizieren kann und die Weiterverarbeitung ist auch ohne Sicherheitswerkbank möglich. Noch dazu hat es sich in unseren Händen gezeigt, dass die virusinaktivierenden Medien viskose Proben leichter pipettierbar machen. Dies hat sich gerade bei SARS-CoV-2 Abstrichproben und Sputumproben bewährt.

Ein weiterer wichtiger Faktor ist der Tupfer selbst. Früher oft verwendete Baumwoll-Tupfer vertragen sich nicht mit der PCR. Diese sind inhibierend besonders wenn der Tupfer während des Transportes  im Röhrchen bleibt oder zu lange ausgewaschen wird. Daher empfehlen wir Tupfer mit Kunststoff-Spitze wie etwa Dacron- oder Nylon-Materialien.

In diesem Zusammenhang hat sich der Tupfer mit „Nylon flocked Tip“ sehr bewährt.  Der speziell weiche Schaumstoff nimmt viel Probenmaterial auf und gibt es auch schnell und vollständig an das Transportmedium ab. Dieser Tupfer kann für die verschiedensten Transportröhrchen verwendet werden, da er gleich 2 Sollbruchstellen hat und muss nicht mit einer Schere abgeschnitten werden.

Unser Nylon flocked Tupfer hat sich nicht nur bei der PCR bestens bewährt sondern es hat sich auch gezeigt, dass wir mit diesem Spezial-Tupfer auch bei den Covid-Antigen Tests deutlich bessere Ergebnisse erzielen als mit den üblicherweise verwendeten klassischen Watte-Tupfern.

ArtikelnummerBeschreibungVerkaufseinheit
202003Nylon flocked Tupfer: steril und einzeln verpackt mit zwei Sollbruchstellen bei 3,2 cm und 8 cm100 Stück
A0006-AVireninaktivierendes Transportmedium (1 ml)100 Stück

Bereits zu Beginn der Pandemie vor einem Jahr war eine der häufigsten Fachfragen unserer Kunden: “Welche Gentargets werden mit Ihren PCR Kits nachgewiesen”: Das Interesse war von Anfang an für Multiplex PCR Kits am größten die verschiedene GenTargets gleichzeitig nachweisen. Damit ist gewährleistet, dass auch bei mutierten Viren zumindest ein Gentarget detektiert werden kann.

Die neue Coronavirus Mutante B.1.1.7 ist inzwischen weit verbreitet und auch in Österreich angekommen. Die meisten Mutationen für die britische Mutante liegen im S (Spike) Gen. Es stellt sich die Frage inwieweit die PCR-Ergebnisse von dieser Mutante beeinflusst werden und ob die sogenannte britische Mutante mit unseren PCR Kits detektiert wird. Gleich vorweg: die Primer aller unsere angebotenen PCR Kits liegen nicht in mutierten Bereichen. Daher wird auch die britische Mutante mit allen unseren RealTime Kits detektiert.

Hier eine Aufstellung unserer bewährten SARS CoV-2-Kits, die auch Virusstämme mit der B.1.1.7 Mutation detektieren

Natürlich könnte man das Vorhandensein der B.1.1.7 Mutante mittels NGS Sequenzierung nachweisen, aber damit der spezielle Nachweis der neuen Virusmutante zukünftig schnell und kostengünstig auch routinemäßig möglich ist werden bald spezifische PCR Kits erhältlich sein. Die Entwicklung von Kits, um die britische Mutation B.1.1.7 von den anderen Stämmen zu unterscheiden, ist im vollen Gange.

Es wurden schon erste PCR Protokolle veröffentlicht bei denen flankierende Primer im S-Gen die B.1.1.7 relevanten Deletionen amplifizieren und dann mittels spezifischer fluoreszierender „Erkennungssequenzen“ detektiert werden können

Molekularen Nachweismethoden wie z.B PCR sind empfindlich gegenüber inhibierenden Substanzen. Viskose Proben sind schwer zu pipettieren und müssen vor der Extraktion entsprechend vorbehandelt werden. Damit die  RNA Extraktion saubere RNA aus verschiedenen Probenmaterialien liefert empfehlen wir eine Vorreinigung mit Filterröhrchen.

1. Beladen Sie das MagCore Filter Röhrchen mit bis zu 500 µl Probe.

2. Zentrifugieren Sie das Röhrchen 5 Minuten bei maximaler Geschwindigkeit (~ 12.000 g) in einer Tischzentrifuge

3. Entnehmen Sie die klare Lösung zum Beladen von POC Geräten oder RNA Extraktionsautomaten.

Die Anwendung unserer Filterröhrchen brachte bessere Resultate bei unseren Austestungen als die klassischen Verdünnungsmethoden. Unsere Tests wurden mit unserem Virus-deaktivierendem Medium und unseren Swabs durchgeführt. Bitte verwenden Sie keine Swabs aus Baumwolle.

Produktinformation:

In den letzten Monaten ist etwas passiert womit niemand gerechnet hat. Bedingt durch die enorme Zunahme an PCR Testungen für das Coronavirus gingen viele Reagenzien, Plastik-Verbrauchsmaterialien und Gerätschaften aus.  Auch bei BioProducts war es eine stressige Zeit  – und –  wir haben gehalten was wir unseren Kunden versprochen haben.  Auch in dieser Zeit konnten wir  verlässlich liefern und das in allen Phasen der Pandemie. „Und wenn ein Produkt ausging, dann haben wir ein anderes gefunden“. Dies war möglich, weil wir den Markt für die Molekulare Diagnostik seit 20 Jahren bedienen. Inzwischen sind übliche RealTime Kits und Extraktionsmaterialien für virale RNA wieder von den meisten Anbietern lieferbar.

Eng ist es nach wie vor, wenn es um PCR-Schnelltests geht, sogenannte Point-of-Care Systeme . Auch hier haben wir uns entsprechend aufgestellt und sind jetzt der verlässliche Player am Markt. BioProducts liefert verlässlich hochwertige POCT-Systeme für Covid-19 unter dem Motto  „BioProducts Verlässlichkeit seit 20 Jahren – Vertrauen verpflichtet“.

BioProducts hat ein neues POC-Gerät für einen einfachen PCR-Schnelltest von SARS-CoV-2. Dieses Gerät erlaubt einen kostengünstigen Nachweis von SARS-CoV-2, der sehr einfach von einer Person ohne PCR-Kenntnisse durchgeführt werden kann. Dabei findet die Extraktion der viralen RNA und eine RealTime-PCR mit 2 viralen Gentargets vollautomatisch im selben Gerät statt. Das erlaubt einen sehr sensitiven Nachweis des Covid-19 Erregers mit geringem Arbeitsaufwand und leichter Bedienung mittels Touchscreen-Display. Da das Gerät handlich und kompakt ist kann es leicht zum jeweiligen Einsatzort transportiert werden.

Dieses anwenderfreundliche System erlaubt die vollautomatische Aufarbeitung von 4 Proben gleichzeitig. Dabei können Rachen- und Nasenabstriche direkt verarbeitet werden. Da die Proben im Gerät unabhängig voneinander analysiert werden,  kann jede Probe nach dem „random access“-Prinzip direkt nach dem Einlangen analysiert werden.

Der ideale Einsatzort für dieses POC-Gerät ist überall dort, wo innerhalb kurzer Zeit mit wenig Aufwand auf SARS-CoV-2 getestet werden soll.

Am Coronavirus sind bereits mehr Menschen gestorben als bei der weltweiten SARS-Pandemie 2002/2003. Als verlässlicher Partner für moderne PCR-Labore waren wir daher bemüht schnellstmöglich einen Test zum Nachweis des Virus anbieten zu können.

Der weltweit erste IVD CE zertifizierten Kit wird nun von BioProducts angeboten. Dieser Real Time PCR Kit detektiert spezifisch den COVID-19 Stamm. Der Kit ist für die gängigsten Real Time Geräte (ABI 7500, LC 480 II, Bio-Rad CFX Maestro) validiert.

Neben diesem IVD CE zertifiziertem Produkt bieten wir noch weitere Coronavirus-Tests an. Für die Detektion von mehreren Parametern gleichzeitig bietet unser Geschäftspartner AusDiagnostics für ihr Multiplex-Tandem-PCR System ein Panel an, das neben Covid-19 auch SARS, MERS und weitere relevante Coranaviren in einem Test unterscheiden kann.

Mit über 120.000 Besuchern ist die “Medica” in Deutschland die größte Medizinmesse weltweit. Wir waren im Rahmen der WKÖ am österreichischen Gemeinschaftsstand vor Ort vertreten. Der Messeauftritt auf der Medica ist eine optimale Gelegenheit, die internationalen Geschäftsbeziehungen von BioProducts zu vernetzen und neue innovative Techniken für die Diagnostik zu erkunden. BioProducts stellte bei dieser Gelegenheit die neuen PCR Entwicklungen dem internationalem Fachpublikum vor. Unsere “BioPro” PCR Kits für BCR-ABL und Helicobacter pylori mit Clarithromycin Resistenz Testung waren daher im Focus. Zusätzlich konnten wir wichtige internationale Geschäftspartner am Messestand begrüßen um unser molekularbiologisches Portfolio weiter auszubauen.

Tatkräftig unterstützt wurde der Messeauftritt auch von den künftigen Managerinnen Flora und Rubin Langmann um am Business Konzept “BioProducts goes International” maßgeblich mitzuwirken.

Noch ein Wunsch an den Veranstalter: Es wäre gut, wenn ein WLAN bei der Weltgrößten Medizin-Veranstaltung zur Verfügung stehen würde.

In dieser Studie wurden über 30 Blutproben von 2 österreichischen Kliniken verglichen. Die Blutproben wurden mit dem empfohlenen Extraktionprotokoll automatisiert am MagNa Pure Compact aufgereinigt. Dies erfolgte im Zuge der täglichen Routine im jeweiligen Labor zur Sepsidiagnostik mit dem SeptiFast. Anonymisierte Rückhalteproben (Eluate) wurden bei BioProducts mit dem neuem Sepsis Kit (Sepsis 22 Target Panel, Artikelnummer HP72411) getestet. Die Ergebnisse wurden an die jeweiligen Labore übermittelt. In beiden Kliniken wurde eine hohe Übereinstimmung mit dem SeptiFast erzielt. Es konnten sowohl multiresistente Erreger (MRSA) als auch Pilze (Candida) verlässlich nachgewiesen werden. Im Vergleich zum SepiFast sind nur  minimalen hands-on-time erforderlich und die Kosten betragen einen Bruchteil. Die Auswertesoftware ermöglicht auch eine relative Quantifizierung bezogen auf einen eingebauten Quantifizierungsstandard. Die extrem hohe Sensitivität macht diesen Kit zu einem optimalen Tool für die Sepsisdiagnostik. Das Panel besteht aus 22 Gentargets mit Pathogenen und deren Resistenzen. Ein integriertes humanes Kontollgen im Panel überprüft  die DNA Isolierung und DNA Qualität. Dieses humane Kontollgen ist in Kombination mit dem Molzym Extraktionkit meist nicht ersichtlich, da diese Extraktionsmethode die humane genomische DNA während der Extraktion großteils enzymatisch abbaut. Mit diesem automatisierten PCR System können eine Vielzahl innovativer Panel durchgeführt werden wie STI Panel mit Resistenzen, HERPES und respiratorische Panel, Stuhl Panel, Dermatophyten Panel usw.

Auswertebeispiel einer  S. aureus positiven Blutprobe. Die “Sample adequacy” ist eine humane Genkontrolle für ein hochkonserviertes humanes Gen. Der “SPIKE” ist ein interner Quanditifizierungsstandard.

Sexuell übertragbare Infektionen (STI) nehmen generell zu. Nachdem es vielfältige Erreger gibt und auch unterschiedlichste Symptome damit verbunden sind ist eine Bestimmung unausweichlich. Bei ausbleibender Behandlung kann der Patient unter dauerhaften Spätfolgen leiden. Neisseria gonorrhoeae kann zum Beispiel zu Entzündungen der Gelenke, des Auges und des Herzens führen. Nun muss sich das Gesundheitssystem aber auch mit zunehmenden Resistenzen der Mikroben auseinandersetzten. Deswegen ist es wichtig auch auf Resistenzen zu testen (z.B. auf Cefriaxone Resistenzen bei Neisseria gonorrhoeae) damit sofort die richtige Behandlung eingeleitet wird.

Ein neuartiger automatisierter Multiplex Test kann die Vielzahl der STIs und deren Resistenzen innerhalb von einem Tag testen. In der Liste unten ist ein Panel angeführt, das 10 verschiedene Parameter gleichzeitig austesten kann.

Dieses Panel hat den Produktnamen Urinogenital and Resistance und ist bei uns unter der Produktnummer HP27123 erhältlich. Für weitere Parameter gibt es auch noch umfangreichere Panels.

Am 7. August 2019 ist Kary Mullis in Kalifornien gestorben. Im Jahr 1983 kam er bei seiner berühmt gewordenen Fahrt ins Wochenende auf die geniale Idee der DNA Amplifikation mittels Temperaturshifts in Kombination mit einer thermostabilen Polymerase. Heute ist diese Methode weltweit als Polymerase-Kettenreaktion (PCR) bekannt. Für die Entwicklung der PCR erhielt er 10 Jahre später im Jahr 1993 den Nobelpreis. Die meisten Produkte von BioProducts für die molekularbiologische medizinische Diagnostik basieren auf dieser revolutionäre Methode.

Im Mai 2010 war Kary Mullis in Österreich und hielt in Mistelbach einen Vortrag bei der Fortbildungsveranstaltung der Biomedizinischen AnalytikerInnen.

„Es war mir eine Ehre und ein Vergnügen Kary Mullis gemeinsam mit seiner Frau in unserem BioProducts Firmenbus quer durchs Weinviertel von Wien nach Brünn zu chauffieren“ sagt Mag. Thomas Langmann von BioProducts und weiter „als Dankeschön hat er den Beifahrersitz in unserem Firmenbus signiert.  Dies ist eine schöne Erinnerung an die gemeinsame Zeit mit Kary Mullis“.

Am Freitag, dem 1.März hatten wir das große Vergnügen, Kunden aus ganz Österreich bei uns in Stockerau begrüßen zu dürfen. Anlass dafür war der Workshop zu dem Thema „Syndromic-based Panel Testing“. Die effiziente Kombination aus einem Pipettierroboter und einem Real Time-PCR Cycler ermöglicht die Testung von zahlreichen Parametern mit minimaler Hands-on Time. Die vielen verschiedenen Panels bieten interessante Lösungen für viele Fragestellungen und die Analyse Software vereinfacht die Auswertung der Ergebnisse. Das Feedback der Teilnehmer war äußerst positiv.

Da auch zahlreiches Interesse für den MagCore Extraktionsautomaten von bestand, gab es auch darüber einen kleinen Vortrag. Hier war besonders die Fähigkeit der Geräte, auch Paraffin-Proben problemlos verarbeiten zu können, von großer Bedeutung. Weitere Informationen zum MagCore gibt es hier.

Für das leibliche Wohl wurde natürlich auch gesorgt und so konnten anregende Gespräche bei guter Hausmannskost fortgeführt werden.

Molecular Syndromic Panel Testing durch die patentierte Multiplex-Tandem Technologie.

Dadurch können multiple Targets in einer Probe detektiert werden, ohne die Sensitivität und Spezifität zu beeinträchtigen.

Hands on time: 5 min

Die Geräte können ab sofort bei uns in Aktion begutachtet werden!

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