ERREGERDIAGNOSTIK AUS FFPE

Lange Zeit wurde der Paraffinblock in der Molekularen Diagnostik “stiefmütterlich” behandelt. Mit der Mutationsdiagnostik hat sich das vor ca. 5 Jahren sprunghaft geändert. Über Nacht wurde das Potenzial für die Krebsbehandlung mit neuen Mutationsanalysen in Onkogenen und spezifischen therapeutischen Inhibitoren zum Focus. Genauso schnell wurde das vormals scheinbar unerschließbare FFPE (Formalin-fixed Paraffin-embedded) für die Routine Diagnostik “tauglich” gemacht. Heute können fast alle Extraktionsautomaten auch Paraffin-Proben aufschließen und die DNA isolieren. Auch unser MagCore leistet hier ganze Arbeit. Direkt den Paraffin-Schnitt in die Kartusche und fertig ist die Extraktion! Das war noch vor wenigen Jahren undenkbar. Aber Vorsicht – die meisten FFPE-Kits sind für humane Genomische DNA für die Mutationsanalyse optimiert! Zuviel genomische DNA kann auch inhibierend sein und muss nicht unbedingt auch die bakterielle oder virale DNA gut isolieren.

Eine meiner ersten Erfahrungen zur Erreger-Diagnostik aus FFPE-Proben liegt schon länger zurück. Ich erinnere mich noch gut an die Frage vor über 10 Jahren von Frau Prof. Reiner, Wien: Wir benötigen eine Lösung für Lymphknoten bei Kindern. Manchmal sieht man Stäbchen. Es handelt sich um Bakterien, die aus dem Paraffinblock nicht mehr kultiviert werden können.

So hat es für uns als Anbieter von molekularer Nischen Diagnostik angefangen und dieses Kapitel ist noch lange nicht abgeschlossen.

Das Geheimnis der säurefesten Stäbchen in Lymphknoten wird in meinem nächsten Blog gelüftet und war meine erste wichtige Erfahrung mit bakteriellen Erregern welche man/frau dort nicht erwartet hätte.

Weiters werden wir uns manche Pathogene aus Paraffinproben und deren Nachweis genauer anschauen wie zB, atypische Mykobakterien, HPV, Helicobacter pylori oder EBV.