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In der molekularen Diagnostik werden momentan hauptsächlich Short Read Sequenzierer von den Firmen Illumina bzw. Thermo Fisher eingesetzt weil ihre Technologie sehr verlässlich ist und weniger Fehler produziert als die nächste Generation der Long Read Sequenzierer (PacBio, Oxford Nanopore). Der Nachteil der Short Read Sequenzierungen ist, dass die Vorbereitung relativ aufwendig ist.

Bei der Vorbereitung der Probe, auch "library preparation" genannt, sind mehrere Schritte für eine erfolgreiche Sequenzierung nötig und um qualitativ gute Ergebnisse zu erhalten sollte die library preparation sorgsam und unter höchsten Standards gemacht werden. Folgende Schritte werden benötigt:

  1. DNA / RNA Extraktion
  2. Fragmentierung durch enzymatische oder mechanische Mittel
  3. Endreparatur und Prozessierung zur Homogenisierung der heterogenen Fragmentenden. (DNA repair and end-polishing (blunt-end or A-overhang)
  4. Adapterligation zur “Clustererzeugung” und klonalen Amplifikation in der Zelle.
  5. Größenauswahl zum Entfernen suboptimaler Fragmentgrößen und Adapterdimere.

Warum brauchen wir eine Größenauswahl ?

  • Illumina und Ion Torrent Geräte sind meist für 200–500 bp Fragmente optimiert.
  • Fragmente kleiner als 150 bp stören die Auswertung -> Adaptoren, Primer Dimere
  • Ab einer Länge von 500 bp ist die Sequenzierung ineffizient und fehleranfällig

  –> ein Problem, das Sequenzierer der dritten Generation zu lösen versuchen.


Welche Methoden zur Grössenauswahl gibt es ?

Enzymatisch

z.B Nextera Kits von Illumina. Benutzen Transposons zur Fragmentierung. Ergebnisse aber oft unzufriedenstelllend (Breite Grössenverteilung)

Gel Elektrophorese

Sehr genaue Methode aber extrem aufwendig und zeitintensiv

Magnetic bead – Technologie

DNA-Fragmente der gewünschten Größe binden in Gegenwart des optimierten Puffers an die Beads. Ein Magnet wird verwendet, um die Beads/DNA zu befestigen Kostengünstig, weniger zeitaufwendig als Gel Elektrophorese, gute Qualität


RBC hat den ersten vollautomatischen Grössenauswahlkit entwickelt. Der Kit ist kompatibel mit allen aktuellen MagCore Vollautomaten (z.B. Super, Plus II) und basiert auf der Magnetic Bead Technologie

Eigenschaften:

1. Automatische DNA Aufreinigung und Grössenselektion in ~ 30min

2. "magnetic bead" Technologie

3. Hohe Ausbeute

4. Wenig Arbeitszeit

5. Konstant gute Qualität – keine manuellen Fehler

Anwendungen:

1. DNA library peparation für NGS

2. Aufreingungen für PCR, Hybridisierungen oder Real-Time PCR

Datum: 30. November. 2022

Ort: FLEMINGS CONFERENCE HOTEL, WIEN

Neubaugürtel 26-28,
A-1070 Wien

Das Programm sowie eine Bildergalerie finden Sie hier.

Digitale PCR ist eine spezielle Weiterentwicklung der klassischen PCR. Das Besondere an dieser PCR Anwendung ist, dass einzelne DNA Moleküle in winzigste Kompartimente getrennt werden, sodass jeweils nur 1 Strang oder keiner in einem Kompartiment amplifiziert wird. Die Art der Aufteilung hängt von der Technologie ab – es wird grob zwischen digital droplet PCR und chamber digital PCR  unterschieden. In einem Fall (ddPCR) werden kleinste Öl-Tropfen getrennt und in dem anderem Fall Moleküle in kleinste Mikrobereiche aufgeteilt (cdPCR).

Digitale PCR besticht durch hohe Sensitivität und Spezifität und durch die hohe Verdünnung ist die Beeinträchtigiung durch PCR Inhibitoren fast ausgeschlossen.

Wir sind immer an innovativen Produkten interessiert und können jetzt auch erstmals ein Produkt basierend auf dPCR anbieten.

Die Quantifizierung von BCR-ABL1 bzw. ABL1 aus Vollblut von Patienten mit positiver chronischer myeloischer Leukämie (CML) ist sehr gut geeignet für digitale PCR. Der Dr. PCR™ BCR-ABL1 Major IS Detection Kit ist ein in-vitro-Diagnose Kit und soll das Verhältnis von BCR-ABL1 zu ABL1 messen. Der Kit erlaubt eine akkurate Beobachtung von Leukämie Patienten während einer Therapie bezüglich Verhältnis BCR ABL1 - ABL1 Transkripte.  

Der Kit besteht aus 1 Tube dRT-PCR Master Mix und 1 Tube Primer & Probe Mix. Die beiden Reagentien werden in einem Reaktionsgefäß mit dem RNA Extrakt zusammengemischt und in eine mitgelieferte Kartusche injiziert. In der Kartusche wird die Probe in 22000 Kompartimente (50nm) verteilt. Diese Kartusche wird in das real-time Gerät plaziert und nach der qPCR wird das Ergebnis ausgegeben.

Fakten

  • 1,5 h bis zum Ergebnis ausgehend von RNA Extrakten
  • Zielregion für BCR-ABL1: e13a2, e14a2
  • Absolute Quantifizierung ohne Standardkurve
  • 1 oder 16 Proben gleichzeitig (je nach Gerät)

Ringversuche dienen dazu, die Leistungsfähigkeit eines Labors und ihres Testsystems zu überprüfen. Wenn man medizinische Proben analysiert, muss man sichergehen, dass die Testergebnisse stimmen. Bei Ringversuchen werden identische Proben an teilnehmende Labore verschickt. Es gibt verschiedenste Einflussfaktoren, die die Testergebnisse beeinflussen, wie zum Beispiel die Laborausstattung, die Arbeitsweise der Mitarbeiter und natürlich das Testsystem. Die Testergebnisse werden vom Ringversuch-Anbieter gesammelt und statistisch verarbeitet, um die Messgenauigkeit der Labore zu bewerten

Wir von BioProducts überprüfen unsere Testsysteme mittels Ringversuchen um den Kunden zuverlässige Analysen zu  garantieren.

Im Jahr 2022 konnten wir bisher nachweisen, dass unsere HPV Testsysteme den Qualitätsstandards entsprechen. Beim HPV Zervixkarzinom Ringversuch haben wir mit unserem Extraktionssystem von RBC (MagCore® Genomic DNA FFPE One-Step Kit) und dem Panelsystem von Ausdiagnostics (High-Risk HPV Genotyping 8-well (Ref 23201) erfolgreich teilgenommen. Der molekularbiologische Nachweis zur Identifizierung und Unterscheidung der HPV Typen wird immer wichtiger zur Früherkennung von Krebserkrankungen. Es gibt mittlerweile mehr als 120 bekannte HPV Typen und PCR Tests können zuverlässig unterscheiden ob es sich um einen „High Risk“ oder „Low Risk“ Typ handelt. Infektionen mit Hochrisiko-HPV-Typen können zu Tumoren (z. B. Gebärmutterhalskrebs bei HPV16/HPV18)  führen, während Niedrigrisiko-HPV-Typen ( z.B. HPV6 und HPV11) für Genitalwarzen verantwortlich sein können.

Weiters überprüfen wir regelmäßig die Qualität unserer SARS Cov-2 Testsysteme bei den ÖQUASTA (Österreichische Gesellschaft für Qualitätssicherung und Standardisierung medizinisch-diagnostischer Untersuchungen) Rundversuchen. Sowohl unser POC Analysegerät (LR 1000) als auch das respiratorische Panel (SARS-CoV-2, Influenza & RSV 8-well) von Ausdiagnostics haben 100% der Proben beim letzten Rundversuch (7; August 2022) richtig analysiert. Das gelang nur 73% aller Teilnehmer.

Am 29.09. und 30.09. September 2022 findet die 21. ÖGH (Österreichiche Gesellschaft für Humangenetik) Jahrestagung im Zentrum von Graz statt.

Die ÖGH Jahrestagung ist die  wichtigste wissenschaftliche Veranstaltung im Bereich der Humangenetik in Österreich. Die österreichischen Humangenetik-Institute präsentieren die neuesten Trends in der Forschung und Entwicklung mit Schwerpunkt Genom-Diagnostik. Führende Experten werden bei dem Treffen diagnostische Möglichkeiten und Probleme, die die neuesten Technologien in der Genomforschung bringen, diskutieren

Lernen sie die neuesten Errungenschaften in der Humangenetik-Forschung und Diagnostik kennen und besuchen sie in den Pausen unseren Stand. Wir stehen zur Verfügung um mit Ihnen über aktuelle Trends in der Diagnostik zu sprechen und wir bemühen uns Lösungen für offene Fragestellugen anzubieten.

Themen:

Genomsequenzierung, Single-Cell Analysen, Mutationsanalysen, Epigenetik, Tumor und cfDNA, ctDNA und vieles mehr

Wann und wo ?

29-30. September 2022 Meerscheinschlössl, Graz

Der FluoroCycler® XT ist ein RealTime-PCR-Gerät der nächsten Generation, auf dem alle bekannten PCR-Technologien sowie mehrfarbige Multiplex-PCR-Verfahren in 5 Farbkanälen durchgeführt werden können. Das Gerät unterstützt außerdem die einzigartige LiquidArray®-Technologie, die RealTime-PCR mit Schmelzkurvenanalysen und Lights-On/Lights-Off-Proben kombiniert. Das erlaubt die gleichzeitige Untersuchung von einer sehr viel größeren Anzahl an Parametern in einem einzigen PCR-Ansatz („Panel Assays“), was Ergebnisse ermöglicht, die mit Sequenzierungen vergleichbar sind.

Das Gerät eignet sich durch das 96-Well-Plattenformat für einen Hochdurchsatz an Proben und erlaubt eine vollautomatisierte Durchführung, Analyse und Ergebnisinterpretation durch die FluoroSoftware® XT-IVD. Auch eine Einbindung in LIMS-Systeme ist möglich. Der FluoroCycler® XT ist aber auch kompatibel mit den meisten anderen am Markt erhältlichen RealTime-PCR-Kits.

Für den FluoroCycler® XT ist mittlerweile ein umfangreiches Portfolio an PCR-Tests entwickelt worden, die auf der LiquidArray®-Technologie beruhen. Es sind Testkits in den folgenden Bereichen verfügbar: bakterielle, virale und pilzliche Infektionen, STIs, respiratorische Krankheiten, Mykobakterien, MRSA, Carbapenemase-Gene von resistenten Bakterien und humangenetische Parameter.

Umfangreiches Portfolio zur Mykobakterien-Diagnostik am FluoroCycler® XT

Mittlerweile gibt es ein umfassendes und noch wachsendes Portfolio von Mykobakterientests für den FluoroCycler® XT, die den M.tuberculosis Komplex, nicht-tuberkulöse Mykobakterien und Resistenzen umfassen.

  • Der FluoroType® MTB 2.0 ist ein semi-quantitativer PCR-Test zur Identifizierung des Mycobacterium tuberculosis (MTB)-Komplexes mittels zweier Targets (IS6110 und 23s-RNA)
  • Der FluoroType® MTBDR 2.0 zur Detektion des M. tuberculosis-Komplexes und dessen Resistenzen gegen Rifampicin und Isoniazid durch Mutationen in den rpoB, inhA- und katG-Genen (durch die LiquidArray® Technologie können bis zu 45 Mutationen in einer Reaktion detektiert werden)
  • Der FluoroType® Mycobacteria zur Detektion und Differenzierung des M. tuberculosis-Komplexes und von 32 klinisch relevanten NTM Arten. Hier werden in 1 einzigen Lauf alle Parameter von drei GenoType-Kits abgearbeitet.
  • In Kürze wird noch ein weiterer Kit verfügbar sein, zum Testen auf Resistenzen gegen Fluoroquinolone, Amikacine, Linezolide und Ethambutol.

In kommenden Blogs werden wir noch ausführlicher weitere Kits zu den zahlreichen Parametern, die mittlerweile für den FluoroCycler® XT verfügbar sind, vorstellen.

Um die Qualität Ihrer Heizplatten für die Hybridisierung (von zB.: FISH-Sonden) gewährleisten zu können, empfiehlt es sich in regelmäßigen Abständen die Temperatur der Heizplatten zu überprüfen.

Wir verwenden dazu kleine knopfbatterieartige Temperatur-Logger, welche auch auf kleineren Flächen Platz zum Messen finden.

Unsere Kunden erhalten darauf einen Überprüfungsbericht und können dann aufgrund dessen entscheiden, ob eine Heizplatte problemlos weiterverwendet werden kann oder ob bei zu hohen Temperaturabweichungen die jeweilige Heizplatte ausgeschieden werden soll.

Auf dem Bild zu sehen ist ein Beispiel für eine klassische Heizplatte, die zum Hybridisieren verwendet wird, welche bereits mit den Temperatur-Loggern ausgestattet ist.

Falls Ihr Interesse geweckt wurde oder Sie noch weitere Informationen benötigen, melden Sie sich bitte jederzeit gerne bei info@bioproducts.at oder klicken Sie hier um unser Online-Bestellformular zu nutzen.

Hurra, der BioProducts Wandplaner und Tischkalender für 2023 ist da!

Nicht nur bei uns sondern bei sehr vielen unserer Kunden ist er 365 Tage im Jahr präsent, der schmucke Wandplaner von BioProducts. Er verschafft den perfekten Überblick fürs ganze Jahr. Auch sein kleiner handlicher Bruder, der praktische Tischkalender, sorgt für ein optimales Zeitmanagement.

Egal ob im Labor oder Büro mit den klassischen Alltagshelfern von BioProducts verlieren Sie auch im kommenden Jahr nicht den Überblick.

Gerne legen wir Ihnen auf Wunsch bei Ihrer nächsten Bestellung ein druckfrisches Exemplar des Wandplaners oder Tischkalender bei oder senden Ihnen die neuen Exemplare zu.

Grundsätzlich gibt es zwei Arten von Medien, die bei der Covid-19-Probennahme zum Einsatz kommen: Viren-deaktivierende und Viren-stabilisierende Medien. Wir empfehlen als Ausgangsmaterial beim LR1000-Point-of-Care-Schnellsystem ein Viren-deaktivierendes Medium zu verwenden. Durch de-aktivierende Medien werden Proteine bereits im Medium denaturiert, was einer Vorbehandlung der Proben gleichkommt, die die Extraktion in der Kartusche verbessert (bei Viren-stabilisierenden Medien bleiben dagegen die ganzen Viruspartikel erhalten).

Die „Inactivated Virus Preservation Solution“ ist ein Viren-deaktivierendes Medium, das für das LR1000-POC-System entwickelt wurde. Durch die verbesserte Extraktion treten „Retest“-Ergebnisse, die bei anderen Medien auftreten können, praktisch nicht auf.

Weitere Vorteile bei der Verwendung eines Viren-deaktivierenden Mediums sind:

  • Die Virenpartikel werden deaktiviert, sodass man diese Proben außerhalb einer Laminar-Flow-Werkbank bearbeiten kann (bei Viren-stabilisierenden Medien sind die Abstriche noch potentiell infektiös).
  • Die Deaktivierung der Proteine (vor allem RNasen) verhindert den Abbau von viraler RNA, sodass man die Abstriche auch über eine längere Zeit bei Raumtemperatur aufbewahren kann (bei Viren-stabilisierende Medien wird meist eine gekühlte (für kurze Zeit) oder sogar gefrorene Lagerung empfohlen, um den Abbau der viralen RNA zu verhindern).
ArtikelnummerBezeichnung
A0006-AInactivated Virus Preservation Solution, 1 ml, 100 Stk./VP
LR 1000AIGS automatic integrated gene detection system,
5 Farbkanäle, 4 Probenmodule

Mit der aktualisierten Version des Ausdiagnostics Varianten Screening Panels kann man mittlerweile 12 verschiedenen Mutationen/Deletionen bestimmen, die zum Nachweis und der Bestimmung von SARS Cov-2 Varianten charakteristisch sind.

Das Panel erlaubt nun die Unterscheidung der verschiedenen Omicron Subvarianten . Selbst BA.4 und BA.5 können nun eindeutig voneinander unterschieden werden, obwohl sie in Statistiken oft zusammengefasst werden wegen ihren ähnlichen Mutationsmuster.


 Omicron BA.1Omicron BA.2Omicron BA.4Omicron BA.5Delta Indian B.1.617Alpha U.K. B.1.1.7Beta SA B.1.351
N501YXXXX XX
HV 69/70 delX XX X 
K417NXXXX  X
K417T       
E484K      X
E484Q       
P681R    X  
P681HXXXX X 
L452R  XXX  
N: P151S  X    
M: D3N   X X 
ORF1a: V1887I(x) BA.1.17      
Übersicht über die im Test inkudierten Mutationen / Deletionen und das Vorhandensein bei den verbreiteten Varianten

Nachdem mittlerweile auch unzählige Untervarianten im Umlauf sind kann es natürlich vorkommen, dass manche Mutationen bei Untervarianten auftreten, die vorher nicht vorhanden waren, wie z. B. die V1887I Mutation bei BA.1.17

Das Panel läuft auf dem automatisiertem High Plex System von Ausdiagnostics und basiert auf der Methode der Tandem Multiplex PCR.

In manchen Ländern übersteigen die Omicron BA.2 Neuinfektionen bereits die BA.1 Neuinfektionen. Das ist begründet durch die Tatsache, dass BA.2 wahrscheinlich noch ansteckender als BA.1 ist – erste wissenschaftliche Untersuchungen deuten darauf hin. Wie schützten uns die bestehenden Impfungen gegen BA.2 ? Ist man nach einer BA.1 Infektion gegen BA.2 gut immunisiert ? Viele offene Fragen, die in den nächsten Tagen und Wochen beantwortet werden.

Unser (Mutantions) Varianten Typing Panel kann BA.2 von BA.1 durch das Fehlen der Deletion 69/70 eindeutig unterscheiden und BA.2 auch von den anderen bekannten Varianten differenzieren.

Omikron ist eine neue Corona Variante von der wir noch wenig wissen, aber die die Virologen in höchste Alarmbereitschaft versetzt. Der Grund ist die Vielzahl an Mutationen. Spricht der aktuelle Impfstoff nicht mehr auf diese Variante an ? Ist diese Variante auch gefährlicher ? Vorsicht ist geboten !

Wir können sofort ein Panel anbieten, dass diese neue Variante von den anderen bekannten Varianten, wie e.g. Alpha oder Delta unterscheiden kann.

Der Test kann die folgenden Mutationen von Omicron identifizieren:

  • N501Y
  • HV69-70 del
  • K417N
  • P681H

Der Test läuft auf dem Panel System von Ausdiagnostics.

Für Herbst 2021 werden bedingt durch die SARS Cov-2 Impfungen und den mithergehenden “Lockerungen” Infektionen mit anderen Viren (z.B Influenza / RSV) erwartet. Ausdiagnostics bietet aktuell respiratorische Panel an.

Das High-Plex System mit der Tandem PCR Technologie erlaubt eine Multiplex Diagnose von Pathogenen / genetischen Markern aus wenig Ausgangsmaterial der Probe.

Mit dem System von Ausdiagnostics kann man bis zu 30 genetische Marker von einer einzelnen Probe testen. 10 ul oder weniger der extrahierten Probe kann eingesetzt werden.

MULTIPLEX DIAGNOSE

Die Technologie ist mit einen Pipettierroboter ausgestattet und ist von der Probezugabe bis zur Ergebnisauswertung automatisiert. Die menschliche Arbeitszeit reduziert sich auf etwa 10 Minuten

Automatisiert

10 Minuten Hands on Time

Jeder genetischer Marker wird in 384 well Platten einzeln amplifiziert um unspezifische Amplifikate zu vermeiden

Hohe Spezifität

Mit der Tandem-PCR Technologie wird in einem ersten PCR Schritt die Probe in einem Röhrchen und mit wenigen Zyklen voramplifiziert um die Amplifikate dann in der 384 well Platte mittels zweiter PCR spezifisch für ein Gentarget weiter zu amplifizieren. Das garantiert höchste Sensitivität.

Hohe Sensitivität

Die Auswertung der Panel Testung erfolgt mittels eigener Analyse-Software. Die Software ermöglicht auch mit Hilfe von integrierten Standards eine semi-quantitative Bestimmung der genetischen Targets bzw. Pathogene in der Probe.

Analysesoftware

Ausdiagnostics bietet ein breites Spektrum an diagnostischen Panels an.

Schätzungen zufolge ist die Hälfte der Menschheit mit Helicobacter pylori infiziert. Je nach Region mehr oder weniger und je nach Antibiotika-Verfügbarkeit mehr oder weniger resistente Stämme. Häufig erfolgt die Infektion mit H. pylori bereits im frühen Kindesalter. Aufgrund der hohen Hygienestandards ist in Mitteleuropa die Inzidenz rückläufig jedoch steigen die Resistenzen.

Der H. pylori Nachweis erfolgt meistens mittels Bakterienkultur auf der Agarplatte, die auch eine Resistenztestung mittels Antibiogram ermöglicht. Oft wächst die Kultur nicht an und dann ist auch keine Resistenztestung möglich. Hier sollten molekulargenetische PCR Testsysteme zum Einsatz kommen, die Resistenzen nachweisen können, vor allem wenn der kulturelle Nachweis versagt. Üblicherweise dient als klinische Probe die Magenbiopsie nach einer Gastroskopie. Was die meisten nicht wissen: Moderne PCR-Systeme können auch H.pylori und dessen Claritromycin-Resistenz direkt aus Stuhl-Proben nicht invasiv nachweisen. Die Magenbiopsie ist alles andere als angenehm, wie ich selbst erleben “durfte”. Auch war das “Ergebnis” negativ; wohlwissend, dass bei weitem nicht jede Kultur anwächst.

Die 23S Mut3 Bande (Pfeil) weist auf eine CLA Resistenz hin. Diese Mischkultur von einem dominierenden WT Stamm und einem CLA-resistenten H.pylori Stamm konnte nur mittels "Streifentests" erkannt werden. Die Probe wurde 3-fach wiederholt und es konnte immer die gleiche CLA Resistenz (Mut3) detektiert werden.

Wenn aber die Symptome bleiben, dann kommt der Patient wieder und dann das gleiche unangenehme Prozedere mit der Gastroskopie von vorne. Rezidive sind keine Seltenheit und spätestens da ist es höchste Zeit für eine PCR Testung, die auch die Claritromycin (CLA)-Resistenzen erkennen.

Ein Fallbeispiel aus der Praxis hilft uns hier viel weiter: In einem Pathologie-Labor wird routinemäßig eine H. pylori PCR aus FFPE Schnitten durchgeführt. Parallel werden die Magenbiopsien eingeschickt und kultiviert.

Die Laborbefunde ergaben diskrepante Ergebnisse:

Eine Wiederholung ergab die gleichen Ergebnisse bei allen Testsystemen. Nachdem bei GenoType HelicoDR nur eine Bande für die CLA Resistenz ganz schwach positiv war, hätten wir ein Artefakt oder eine Laborkontamination vermutet; jedoch waren die Ergebnisse reproduzierbar!

Schließlich wurde die fragliche Probe bei BioProducts im Labor nachgetestet: und tatsächlich – eine schwach positive Resistenz bei CLA. Aufgereinigt wurde der FFPE Schnitt bei uns mit dem MagCore FFPE OneStep Kit. Bei uns konnte eine Kontamination ausgeschlossen werden und das Ergebnis war wieder reproduzierbar. Spannend: Weder in der Kultur konnte der im Hintergrund mickrig schwach wachsende resistente H.pylori Stamm  erkannt werden noch mittels RealTime PCR war bei der Schmelzkurve ein entsprechender Peak erkennbar. In diesem Fall war die PCR mit anschließender reverser Hybridisierung der sogenannte  “goldene Standard”.

Die PCR ist seit vielen Jahren für den schnellen Nachweis von Mykobakterien im Einsatz. Wenn die Lungentuberkulose bei uns weiter zurückgeht ist es bei den atypischen Mykobakterien ganz anders! Heute nennt man diese Mykobakterien-Gruppe auch gerne NTM (nicht tuberkulöse Mykobakterien). Auch MOTTs (Myocbacteria Ohter Then Tuberculosis) war und ist ein gängiges Synonym für die atypischen Mykobakterien.

Seit vielen Jahren sind wir der erfahrene Marktführer wenn es um den PCR-Nachweis von atypischen Mykobakterien geht. Tatsächlich war der GenoType Mykobakerien Kit von Hain-Lifescience (heute Bruker) der erste PCR Kit, den ich überhaupt erfolgreich verkaufen konnte. Das ist jetzt über 20 Jahre her und es sind neue PCR Kits zum Nachweis von NTMs dazu gekommen. Aus dem GenoType Mykobakterien wurde der GenoType Mycobacteria CM und der GenoType Mycobacteria AS. Das sind heute die “Flaggschiffe” wenn es um die atypischen Mykobakterien geht. Beide PCR Kits basieren auf der DNA-Strip Technologie und sind aus Kultur aber auch aus Direktmaterial wie ZN-positiven Proben validiert. Seit ein paar Jahren ist auch der GenoType NTMDR am Markt und wieder der innovativste Test, wenn es um die Resistenztestung bei atypischen Mykobakterien geht.

Im Laufe der Zeit haben wir uns auch mit NTMs in Paraffinproben befasst, die vor allem in der Pathologie an Bedeutung gewonnen haben. Wenn man nur die Paraffinprobe hat so lässt sich keine Kultur an züchten und man ist auf die PCR angewiesen. Unsere Lösung war und ist der Myco Direct Chip (Chipron), der für FFPE Proben validiert wurde. Die Bedeutung erkennen wir wenn wir erfahren, dass Lymphknotenschwellungen (Lymphadenitis) bei Kindern oft durch NTM wie M. avium oder M. chelone verursacht werden. NTM sind in den USA und in Westeuropa für über 85% der mykobakteriellen Erkrankungen bei Halslymphknoten bei Kleinkindern verantwortlich. Erst mit der verbesserten PCR Diagnostik können wir diese auch aus FFPE Proben verlässlichen testen.

Schön langsam erkennen wir die klinische Relevanz von NTM mit den verbesserten diagnostischen Möglichkeiten und wahrscheinlich hat auch Covid hier weiter beigetragen, sich die Lunge in Hinblick auf die Erreger-Diagnostik genauer anzuschauen, denn die meisten NTM finden wir nach wie vor in der Lunge.

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